Il significato delle varie icone è abbastanza intuitivo.

Disegnare strutture in JSME è un semplice processo che si articola in due fasi distinte:

1. Scegliere lo strumento di disegno "legame" o "anello" dal menu e fare clic nella finestra di disegno per disegnare il legame o l'anello; I legami C-C saranno disegnati come modo predefinito.

2. Scegliere lo strumento "elemento" o "gruppi funzionali" e fare clic su un'estremità del legame nella finestra di disegno per convertire l'atomo di C in altri elementi, o in alcuni gruppi funzionali comuni.
La procedura è descritta in dettaglio qui sotto.

Gli strumenti di disegno legami e anelli sono descritti chiaramente nella figura a destra

• Per disegnare un legame fare click sullo strumento legame singolo, doppio o triplo e quindi fare clic su un punto qualsiasi dell'area di disegno. Per aggiungere un altro legame fare click su una estremità di un legame già esistente.

• I legami saranno disegnati secondo angoli convenzionali per impostazione predefinita, ma se si fa clic su un atomo e si trascina, è possibile disegnare il nuovo legame con qualsiasi angolazione.

• La Stereochimica può essere evidenziatata tramite la funzione "legame a cuneo". Cliccate di nuovo su un legame "cuneo" per convertirlo in un legame "tratteggiato".

• E' possibile convertire qualsiasi tipo di legame (singolo, doppio,  a cuneo, etc.) in qualsiasi altro selezionando lo strumento desiderato e cliccando su un legame già esistente.

• Lo strumento di disegno "catena alchilica" crea facilmente una catena facendo clic nell'area di disegno, o su un atomo esistente, e trascinando il mouse per disegnare una catena di lunghezza desiderata.

• I sistemi ad anello possono essere disegnati in modo simile selezionando lo strumento in questione e facendo clic nell'area di disegno, o su una estremità di un legame già esistente.

• Selezionare uno strumento  "anello" e quindi fare clic su un legame esistente di un anello pre-esistente. Verrà creato un sistema di anelli "fuso".

Gli strumenti di modifica sono descritti brevemente e sono auto-esplicativi.

Gli strumenti "elemento" e "gruppi funzionali"sono illustrati nella figura.

• I legami vengono creati come legami carbonio-carbonio, per impostazione predefinita. Per aggiungere altri elementi, fare clic sullo strumento in questione e quindi fare clic su uno o più atomi esistenti. Le scorciatoie da tastiera elencate a parte forniscono un modo semplice per aggiungere elementi diversi dal carbonio.
• Molti gruppi funzionali possono essere aggiunti utilizzando lo strumento "gruppi funzionali".

Le scorciatoie da tastiera sono alternative molto convenienti rispetto al selezionare gli strumenti corrispondenti con il mouse.

• Atomi: Posizionare il cursore su un atomo e digitare C, N, O, P, S, F, L (per Cl), B (per Br), I, H, o R.

• Anelli: Tipo 3 ... 8 per anelli da 3 a 8 membri, o 1 per fenile, e disegnare l'anello nel solito modo.